Сюжет игры берёт начало в 2010-ых годах. Игрок получает возможность выбрать одну из трёх фракций. В Generals Соединённые Штаты и Китай — две супердержавы, подвергаются атакам со стороны Глобальной Освободительной Армии (англ. Global Liberation Army), террористической организации из Ближнего Востока с неясным списком руководителей. И США и Китай изображены как главные герои в серии, и часто сотрудничают друг с другом всюду по сюжетной линии. Эти три фракции вступают в войну, подобную реальной войне с терроризмом.
Каждая кампания включает семь миссий. Желательно сначала пройти кампанию за Китай, потом за ГОА и затем за США. При таком порядке, Китай принимает ответные меры за разрушительное ядерное нападение ГОА на Пекин и, в конечном итоге, полностью уничтожает ячейку террористов, руководившую операциями в Тихоокеанском регионе. Эту кампанию сопровождают такие инциденты, как разрушение Ущелья Трёх Дамб и использование китайского ядерного оружия. Здесь начинается кампания террористов, которые пытаются оправиться от неудачи в Китае (накапливают капитал и натравливают сверхдержавы друг на друга), захватывают космодром Байконур для запуска советских ракет с биологическим оружием. После этого начинается кампания США, которые преследуют ГОА до их главного штаба, а также противостоят китайскому генералу, который симпатизировал террористам.
Каждая фракция изображена в уникальной манере: армия США использует современные технологии, в то время как Китай использует старые, но проверенные и эффективные технологии развивающихся стран. Его сила выражается также в количестве войск (большие группы юнитов получают «бонус орды»). Основной упор террористов — на небольшие вылазки (используя химическое оружие) и многочисленных дешёвых бойцов.
В отличие от Tiberian Sun или Red Alert, в Generals нет главных героев, кроме игровых на поле боя (где они играют незначительную роль). Игрок является генералом соответствующей армии и зарабатывает «очки генерала», повышающие ранг и открывающие доступ к новым способностям (к примеру, заказ авиа-удара и возможность отремонтировать юниты в определённой области).
Несмотря на крайне положительное изображение Китая в игре, столь нехарактерное для большинства американских компьютерных игр, в этой стране серия Generals к продаже запрещена, вероятно, из-за изображённой ядерной атаки на площадь Тяньаньмэнь в первой миссии китайской кампании, а также по причине неосмотрительного использования ядерного оружия широкого радиуса действия.
История Generals продолжилась в дополнении Command & Conquer: Generals - Zero Hour. Для каждой фракции в игре написано собственное собственное музыкальное сопровождение. Открывающей и закрывающей музыкальной темой китайской кампании является национальный гимн страны. Музыкальная тема Соединённых Штатов состоит из эпической, милитаристической музыки, написанной Биллом Брауном. Саундтрек кампании ГОА может быть описан как комбинация арабской музыки и хэви-металла, подобно сомалийской теме в Black Hawk Down.
| 
